Не так уж и редко встречается проблема с ESRI-шейпами, когда в окне проекта графические объекты (полигоны, линии, точки) то пропадают, то появляются в зависимости от отображаемого масштаба.
Чтобы решить эту проблему нужно удалить из набора данных файлы с расширением ".qix":
Для чего эти файлы? "Чтобы повысить производительность рисования шейп-файла, вы можете создать пространственный индекс. Пространственный индекс улучшит скорость как масштабирования, так и панорамирования. Пространственные индексы, используемые QGIS, имеют расширение .qix."